Oдељење за контролу поступања са отпадом обавља послове који се односе на: инспекцијски надзор у области контроле поступања са опасним и осталим отпадом, амбалажом и амбалажним отпадом у складу са Законом о управљању отпадом и Законом о амбалажи и амбалажном отпаду; инспекцијски надзор у циљу утврђивања испуњености услова заштите животне средине за обављање делатности управљања посебним токовима отпада; инспекцијски надзор у циљу утврђивања испуњености услова заштите животне средине за прекогранично кретање отпада; инспекцијски надзор у циљу утврђивања испуњености услова за доделу подстицајних средстава, међународну сарадњу везану за инспекцијски надзор прекограничног кретања отпада, у оквиру међународних мрежа (IMPEL и ECENA); међународну сарадњу везану за инспекцијски надзор примене и спровођења Базелске конвенције; иницирање и руковођење формирањем јединствене базе података оператера који поступају са опасним и осталим отпадом, амбалажом и амбалажним отпадом, са системом за праћење степена усаглашености са важећом законском регулативом из области заштите животне средине; иницирање развоја система за едукацију и пружање информација оператерима који поступају са опасним и другим отпадом и оператерима који управљају амбалажним отпадом у процесу усаглашавања са постојећом законском регулативом из области заштите животне средине; обавља и друге послове из ове области.