Одељење за заштиту од јонизујућих и нејонизујућих зрачења обавља послове који се односе на инспекцијски надзор над: спровођењем мера заштите од јонизујућих зрачења; спровођењем мера заштите од јонизујућих зрачења при обављању радијационих делатности; спровођењем мера радијационе сигурности и безбедности; контролом радиоактивности роба при увозу, извозу и транзиту; прометом извора јонизујућих зрачења и радиоактивних материјала на граници; овлашћеним правним лицима за обављање стручних послова у области заштите од јонизујућих зрачења; спровођењем мера заштите од нејонизујућих зрачења при коришћењу извора нејонизујућих зрачења; овлашћеним правним лицима за обављање стручних послова у области заштите од нејонизујућих зрачења; као и на поступање у случају акцидента са изворима јонизујућих зрачења; спровођење деконтаминације радне и животне средине; спровођење програма и планова мера заштите од јонизујућих зрачења; праћење систематског испитивања радиоактивности у животној средини; поступање у случају ванредног догађаја са изворима нејонизујућих зрачења; спровођење програма и планова мера заштите од нејонизујућих зрачења; праћење систематског испитивања нивоа нејонизујућих зрачења у животној средини; обавља и друге послове из ове области.