Одељење за заштиту земљишта, подземних и површинских вода од загађивања обавља послове који се односе на: инспекцијски надзор у области контроле квалитета земљишта подземних и површинских вода; вршење непосредног надзора и предузимање мера за обезбеђивање извршења Закона о заштити животне средине, Закона о водама, и других прописа и општих аката који се односе на утврђивање критеријума за одређивање статуса угрожености животне средине и/или приоритета за санацију и ремедијацију контаминираних локација на територији Србије; спровођење поступака и предузимање законом дефинисаних мера приликом акцидентних загађења површинских, подземних вода и земљишта; усклађивање програма испитивања вода са захтевима Оквирне директиве о водама; Оквирне директиве о земљишту; контролу испуњености услова за рад постројења – испуста отпадних материја у воде и земљиште; увођење и примену процедура и метода за систематско праћење квалитета и стања земљишта на локацијама оператера; сарадњу са другим надлежним испекцијама у Републици; сарадњу инспекције са јединицама локалне самоуправе, непосредан надзор над извршењем инспекцијских послова у аутономној покрајини и јединицама локалне самоуправе у области доношења Програма заштите животне средине, односно локалних акционих и санационих планова; обезбеђење валидности података и информација из државне мреже локалитета за праћење квалитета земљишта; прикупљање података и праћење индикатора за оцену ризика од деградације земљишта; међународну сарадњу везану за инспекцијски надзор прекограничног кретања загађења; обавље послова националне контакт особе за УН Конвенцију о дезертификацији и деградацији земљишта; обавља и друге послове из ове области.

 У Одељењу за заштиту земљишта, подземних и површинских вода од загађивања образују се следеће уже унутрашње jединице:

• Одсек за заштиту земљишта и подземних вода од загађивања;
• Одсек за заштиту површинских вода од загађивања.

Одсек за заштиту земљишта и подземних вода од загађивања обавља послове који се односе на: инспекцијски надзор у области контроле загађења земљишта; контроле квалитета подземних вода; спровођење поступака и предузимања законом дефинисаних мера приликом акцидентних загађења земљишта и подземних вода; надзор над спровођењем санационих и ремедијационих поступака на контаминираним локацијама на територији Републике Србије; утврђивање критеријума за одређивање статуса угрожености животне средине и приоритета за санацију и ремедијацију; вршење непосредног надзора и предузимање мера за обезбеђивање извршења закона, других прописа и општих аката који се односе на обављање послова из делокруга Одсека; обавља и друге послове из ове области.

Одсек за заштиту површинских вода од загађивања обавља послове који се односе на: инспекцијски надзор у области контроле загађења вода; контроле квалитета отпадних вода; спровођење поступака и предузимање законом дефинисаних мера приликом акцидентних загађења површинских вода; сакупљање и обраду података ради формирања и вођења регистра извора загађивања, регистара везаних за емисије загађујућих материја у воде; успостављање мониторинга непосредног надзора и предузимање мера за обезбеђивање извршења закона, других прописа и општих аката; обавља и друге послове из ове области.