U Sektoru za upravljanje otpadom i otpadnim vodama obavljaju se poslovi koji se odnose na:
- pripremu stručnih osnova za izradu propisa i neposredno učešće u izradi propisa iz delokruga rada Sektora;
- koordinaciju aktivnosti na pripremi, organizovanju i praćenju procesa izrade i realizacije strategija, programa i planova u oblasti zaštite životne sredine i upravljanja otpadom;
- utvrđivanje, koordiniranje i razvoj ciljeva životne sredine u oblasti upravljanja otpadom;
- uspostavljanje i razvoj sistema upravljanja komunalnim, biorazgradivim i industrijskim otpadom i saradnja sa jedinicama lokalne samouprave u pogledu usaglašavanja prakse i primene zakona;
- praćenje i učešće u harmonizaciji nacionalnih propisa sa propisima Evropske unije u oblasti upravljanja otpadom u okviru prekograničnog kretanja otpada, izdavanja dozvola za upravljanje otpadom i dozvola za upravljanje posebnim tokovima otpada, kao i planiranja upravljanja otpadom;
- učešće u izradi strateških dokumenata, istraživačkih i drugih planova i programa u oblasti održivog korišćenja, očuvanja kvaliteta površinskih i podzemnih voda, zaštite voda od zagađivanja i upravljanja otpadnim vodama, njihovom usaglašavanju sa strateškim dokumentima u oblasti zaštite životne sredine i definisanju ciljeva životne sredine u pogledu površinskih i podzemnih voda i zaštićenih oblasti, kao i praćenje realizacije tih strategija, planova i programa;
- utvrđivanje standarda kvaliteta životne sredine za površinske vode, podzemne vode i sediment, parametara ekološkog i hemijskog statusa površinskih voda, kao i kvantitativnog i hemijskog statusa podzemnih voda i klasifikacije voda;
- određivanje ranjivih i osetljivih područja, kao i zaštićenih oblasti na vodnom području;
- pripremu i predlaganje monitoringa statusa površinskih i podzemnih voda;
- kontrolu unošenja i ispuštanja u površinske vode, podzemne vode i javnu kanalizaciju otpadnih voda, uspostavljanje merenja količina i ispitivanje kvaliteta otpadnih voda pre i posle njihovog prečišćavanja;
- saradnja sa drugim državnim organima i institucijama u ostvarivanju politike zaštite životne sredine u oblasti upravljanja otpadom i upravljanja vodama;
- učešće u radu Pregovaračke grupe za Poglavlje 27, radu sektorskih radnih grupa i pripremi pregovaračke pozicije;
- druge poslove u ovoj oblasti.
U Sektoru za otpad i otpadne vode obrazuju se uže unutrašnje jedinice:
- Grupa za pravne poslove u oblasti upravljanja otpadom i otpadnim vodama
- Odeljenje za upravljanje otpadom
- Odeljenje za zaštitu voda od zagađivanja
- Odeljenje za otpadne vode
- Grupa za planiranje, pripremu i praćenje projekata u oblasti upravljanja otpadom i otpadnim vodama
