Одељење за интегрисане дозволе обавља послове који се односе на: издавање интегрисаних дозвола у складу са Законом о интегрисаном спречавању и контроли загађивања животне средине; праћење и контролу утицаја на животну средину постројења за које је издата интегрисана дозвола; праћење развоја најбоље доступних техника; утврђивање услова заштите животне средине којим се обезбеђује интегрисан приступ за одобравање рада постројења и обављање активности које могу имати негативне утицаје на животну средину; учешће у припреми и спровођењу стратешких докумената и планова као и предлагање пројеката; учествовање у припреми стручних основа за израду прописа у области интегрисаног спречавања и контроле загађивања животне средине; праћење међународних прописа у вези са IPPC (интегрисано спречавање и контрола загађења) директивом; размена информација са европским и међународним организацијама и институцијама у области издавање интегрисаних дозвола; обавља идруге послове из ове области.