Odeljenje za integrisane dozvole obavlja poslove koji se odnose na: izdavanje integrisanih dozvola u skladu sa Zakonom o integrisanom sprečavanju i kontroli zagađivanja životne sredine; praćenje i kontrolu uticaja na životnu sredinu postrojenja za koje je izdata integrisana dozvola; praćenje razvoja najbolje dostupnih tehnika; utvrđivanje uslova zaštite životne sredine kojim se obezbeđuje integrisan pristup za odobravanje rada postrojenja i obavljanje aktivnosti koje mogu imati negativne uticaje na životnu sredinu; učešće u pripremi i sprovođenju strateških dokumenata i planova kao i predlaganje projekata; učestvovanje u pripremi stručnih osnova za izradu propisa u oblasti integrisanog sprečavanja i kontrole zagađivanja životne sredine; praćenje međunarodnih propisa u vezi sa IPPC (integrisano sprečavanje i kontrola zagađenja) direktivom; razmena informacija sa evropskim i međunarodnim organizacijama i institucijama u oblasti izdavanje integrisanih dozvola; obavlja idruge poslove iz ove oblasti.