Одељење за управљање отпадом обавља послове који се односе на: припрему стручних основа за израду закона и других прописа у области управљања отпадом; израду и спровођење стратешких докумената за интегрисано управљање отпадом и њихово повезивање са другим стратешким документима; развој оперативних планова за посебне токове отпада; праћење рада и учествовање у радним телима везаним за Базелску конвенцију о контроли прекограничног кретања опасних отпада и њиховом одлагању (у даљем тексту: Базелска конвенција) и Стокхолмску конвенцију о дуготрајним органским загађујућим супстанцама (у даљем тексту: Стокхолмска конвенција) у делу који се односе на управљање отпадом и Програм УН за животну средину; развој одрживог система за стално пружање помоћи привредним субјектима и другим субјектима за спровођење прописа у области управљања отпадом; издавање дозвола за сакупљање, транспорт и третман (складиштење, поновно искоришћење и одлагање) отпада; успостављање и развој регистра отпада и вођење регистра издатих дозвола; овлашћивање организација за испитивање отпада; спровођење Базелске конвенције; управљање индустријским отпадом; управљање комуналним отпадом и посебним токовима отпада; прекогранично кретање отпада, издавање дозвола за увоз, извоз и транзит отпада; праћење израде, ревизије и спровођења стратегије, програма, регионалних и локалних планова управљања отпадоми успостављања система управљања отпадом; утврђивање услова и мера заштите животне средине за санацију, затварање и рекултивацију депонија и сметлишта комуналног отпада; обавља идруге послове из ове области.

 У Одељењу за управљање отпадом образују се уже унутрашње јединице:

• Одсек за прекогранично кретање отпада;
• Одсек за издавање дозвола за управљање отпадом;
• Одсек за развој система управљања отпадом.

Одсек за прекогранично кретање отпада обавља послови који се односе на: припрему и издавање дозвола за прекогранично кретање отпада; праћење рада и учествовање у радним телима везаним за Базелску конвенцију, Стокхолмску конвенцију у делу који се односе на управљање отпадом и Програм УН за животну средину; развој одрживог система за стално пружање помоћи привредним субјектима за спровођење прописа; развој и вођење регистра издатих дозвола; спровођење Базелске конвенције; прекогранично кретање отпада, издавање дозвола за увоз, извоз и транзит индустријског отпада; размену информација о прекограничном кретању отпада, праћење спровођења програма и планова о управљању отпадом;обавља идруге послове из ове области.

Одсек за издавање дозвола за управљање отпадом обавља послове који се односе на: припрему и издавање дозвола за сакупљање, транспорт и третман отпада, укључујући и интегралне дозволе; успостављање и развој регистра отпада и вођење регистра издатих дозвола; вођење евиденције о кретању опасног отпада укључујући и најаве кретања; учешће у изради стручних основа за припрему стратегије, планова и прописа у области управљања отпадом; праћење спровођења стратегије, планова и прописа у области управљања отпадом; учешће у изради и реализацији пројеката за унапређење система управљања отпадом и пројеката за добијање донаторских средстава; учешће у развоју оперативних планова за управљање комуналним, индустријским и посебним токовима отпада; овлашћивање организација за испитивање отпада; обавља идруге послове из ове области.

Одсек за развој система управљања отпадом обавља послове који се односе на: учешће у припреми стручних основа за израду прописа у области управљања отпадом; учешће и изради стратегија управљања отпадом као и планова управљања комуналним, индустријским и посебним токовима отпада; израду, реализацију и развој оперативних планова управљања отпадом; праћење имплементације стратегије, програма, регионалних и локалних планова у области управљања отпадом и предлагање мера и активности за унапређење система управљања отпадом; развијање одрживог система сталне помоћи привредним субјектима и јединицама локалне самоуправе при спровођењу прописа из ове области; планирање, израду и учешће у реализацији пројеката за унапређење административних, техничких и других капацитета као и у дефинисању пројеката управљања отпадом и пројеката за добијање донаторских средстава; планирање и израду предлога програма  локалне комуналне инфраструктуре; утврђивање услова заштите животне средине за спровођење мера санације, затварања и рекултивације депонија и сметлишта комуналног отпада; давање сагласности на пројекте санације, затварања и рекултивације депонија и сметлишта комуналног отпада; размена информација са јединицама локалне самоуправе у области управљања комуналним, индустријским и посебним токовима отпада; обавља идруге послове из ове области.