Odeljenje za upravljanje otpadom obavlja poslove koji se odnose na: pripremu stručnih osnova za izradu zakona i drugih propisa u oblasti upravljanja otpadom; izradu i sprovođenje strateških dokumenata za integrisano upravljanje otpadom i njihovo povezivanje sa drugim strateškim dokumentima; razvoj operativnih planova za posebne tokove otpada; praćenje rada i učestvovanje u radnim telima vezanim za Bazelsku konvenciju o kontroli prekograničnog kretanja opasnih otpada i njihovom odlaganju (u daljem tekstu: Bazelska konvencija) i Stokholmsku konvenciju o dugotrajnim organskim zagađujućim supstancama (u daljem tekstu: Stokholmska konvencija) u delu koji se odnose na upravljanje otpadom i Program UN za životnu sredinu; razvoj održivog sistema za stalno pružanje pomoći privrednim subjektima i drugim subjektima za sprovođenje propisa u oblasti upravljanja otpadom; izdavanje dozvola za sakupljanje, transport i tretman (skladištenje, ponovno iskorišćenje i odlaganje) otpada; uspostavljanje i razvoj registra otpada i vođenje registra izdatih dozvola; ovlašćivanje organizacija za ispitivanje otpada; sprovođenje Bazelske konvencije; upravljanje industrijskim otpadom; upravljanje komunalnim otpadom i posebnim tokovima otpada; prekogranično kretanje otpada, izdavanje dozvola za uvoz, izvoz i tranzit otpada; praćenje izrade, revizije i sprovođenja strategije, programa, regionalnih i lokalnih planova upravljanja otpadomi uspostavljanja sistema upravljanja otpadom; utvrđivanje uslova i mera zaštite životne sredine za sanaciju, zatvaranje i rekultivaciju deponija i smetlišta komunalnog otpada; obavlja idruge poslove iz ove oblasti.

 U Odeljenju za upravljanje otpadom obrazuju se uže unutrašnje jedinice:

• Odsek za prekogranično kretanje otpada;
• Odsek za izdavanje dozvola za upravljanje otpadom;
• Odsek za razvoj sistema upravljanja otpadom.

Odsek za prekogranično kretanje otpada obavlja poslovi koji se odnose na: pripremu i izdavanje dozvola za prekogranično kretanje otpada; praćenje rada i učestvovanje u radnim telima vezanim za Bazelsku konvenciju, Stokholmsku konvenciju u delu koji se odnose na upravljanje otpadom i Program UN za životnu sredinu; razvoj održivog sistema za stalno pružanje pomoći privrednim subjektima za sprovođenje propisa; razvoj i vođenje registra izdatih dozvola; sprovođenje Bazelske konvencije; prekogranično kretanje otpada, izdavanje dozvola za uvoz, izvoz i tranzit industrijskog otpada; razmenu informacija o prekograničnom kretanju otpada, praćenje sprovođenja programa i planova o upravljanju otpadom;obavlja idruge poslove iz ove oblasti.

Odsek za izdavanje dozvola za upravljanje otpadom obavlja poslove koji se odnose na: pripremu i izdavanje dozvola za sakupljanje, transport i tretman otpada, uključujući i integralne dozvole; uspostavljanje i razvoj registra otpada i vođenje registra izdatih dozvola; vođenje evidencije o kretanju opasnog otpada uključujući i najave kretanja; učešće u izradi stručnih osnova za pripremu strategije, planova i propisa u oblasti upravljanja otpadom; praćenje sprovođenja strategije, planova i propisa u oblasti upravljanja otpadom; učešće u izradi i realizaciji projekata za unapređenje sistema upravljanja otpadom i projekata za dobijanje donatorskih sredstava; učešće u razvoju operativnih planova za upravljanje komunalnim, industrijskim i posebnim tokovima otpada; ovlašćivanje organizacija za ispitivanje otpada; obavlja idruge poslove iz ove oblasti.

Odsek za razvoj sistema upravljanja otpadom obavlja poslove koji se odnose na: učešće u pripremi stručnih osnova za izradu propisa u oblasti upravljanja otpadom; učešće i izradi strategija upravljanja otpadom kao i planova upravljanja komunalnim, industrijskim i posebnim tokovima otpada; izradu, realizaciju i razvoj operativnih planova upravljanja otpadom; praćenje implementacije strategije, programa, regionalnih i lokalnih planova u oblasti upravljanja otpadom i predlaganje mera i aktivnosti za unapređenje sistema upravljanja otpadom; razvijanje održivog sistema stalne pomoći privrednim subjektima i jedinicama lokalne samouprave pri sprovođenju propisa iz ove oblasti; planiranje, izradu i učešće u realizaciji projekata za unapređenje administrativnih, tehničkih i drugih kapaciteta kao i u definisanju projekata upravljanja otpadom i projekata za dobijanje donatorskih sredstava; planiranje i izradu predloga programa  lokalne komunalne infrastrukture; utvrđivanje uslova zaštite životne sredine za sprovođenje mera sanacije, zatvaranja i rekultivacije deponija i smetlišta komunalnog otpada; davanje saglasnosti na projekte sanacije, zatvaranja i rekultivacije deponija i smetlišta komunalnog otpada; razmena informacija sa jedinicama lokalne samouprave u oblasti upravljanja komunalnim, industrijskim i posebnim tokovima otpada; obavlja idruge poslove iz ove oblasti.