Одсек за заштиту од буке, вибрација и нејонизујућих зрачења обавља послове који се односе на: развој система заштите од буке и вибрација; припрему решења за давање овлашћења институцијама која се баве мерењима вибрација; припрему решења за давање овлашћења институцијама која се баве мерењима буке; развој система заштите од нејонизујућих зрачења; решавање захтева и припрему решења за давање овлашћења правним лицима за вршење послова испитивања нивоа зрачења извора нејонизујућих зрачења од посебног интереса у животној средини и за вршење послова систематског испитивања нивоа нејонизујућих зрачења у животној средини; решавање захтева и припрему решења за коришћење извора нејонизујућих зрачења од посебног интереса; праћење нивоа нејонизујућих зрачења у животној средини са захтевом вршење посебних мерења; процена резултата студије значаја постојећих извора нејонизујућих зрачења од посебног интереса; припрема Програма систематског испитивања нивоа нејонизујућих зрачења у животној средини и праћење његове рализације; анализа резултата систематског испитивања нивоа нејонизујућих зрачења у животној средини; контрола поверених послова органима локалне самоуправе и утономној покрајини на спровођењу прописа из области заштите од нејонизујућих зрачења; обавља идруге послове из ове области